Nissan Cube в кузовах серии Z11 был представлен на Токийском автосалоне в октябре 2002 года . Это второе поколение популярного автомобиля, ориентированного, в первую очередь, на молодых покупателей. Практически сохранив прежние пропорции (колесная база была увеличена на 70мм, а общая длина сократилась на 20мм), автомобиль существенно прибавил во внутреннем объеме – пассажирам достаточно просторно как спереди, так и сзади. И передние, и задние сидения выполнены в виде диванов, трансформирующихся в кресла, разделенные широкими подлокотниками. Объем багажного отделения по сравнению с предыдущим поколением был существенно увеличен.

Дизайн автомобиля, во многом повторяющий облик представленного в 2001 году в Женеве концепта Nissan Chappo , очень необычен. Соответствуя названию модели, кузов выполнен угловатым с короткими свесами. Задняя часть автомобиля выполнена ассиметрично, что позволило улучшить обзор с места водителя. Ассиметрия Куба начиная со второго поколения является одной из самых ярких черт в его дизайне, но именно эта его особенность во многом помешала выводу второго поколения на глобальный рынок. При проработке вариантов экспорта стала очевидна необходимость серьезной модификации автомобиля, что выливалось в существенные финансовые траты, а этого Nissan в тот момент себе позволить не мог.

Специально для Nissan Cube разработаны литые легкосплавные диски, выполненные в стиле соответствующем «кубической» теме в дизайне (данные диски относятся к опциональному оборудованию). Кроме того, стоит отметить тот факт, что задняя дверь в отличие от предыдущего поколения выполнена распашной.

В техническом плане автомобиль также полностью обновился. Теперь он выпускается в версиях с передним и полным приводом, оснащенных двигателем CR14DE объемом 1.4 литра, обладающим мощностью в 98 л.с. (97 в варианте с полным приводом). Необходимо отметить, что полный привод во втором поколении Nissan Cube реализован по новой схеме e-4WD (электрический полный привод), в которой вращающий момент на задние колеса передается не через карданный вал, а от электродвигателя, установленного сзади. Это позволило сэкономить вес автомобиля и внутренний объем, так как отпала необходимость в высоком центральном тоннеле для карданного вала, но ради электродвигателя пришлось отказаться от ниши для хранения «докатки».

Также как и для предыдущего поколения, одновременно с «простой» была представлена специальная версия автомобиля, разработанная совместно с Autech (дочерняя компания Nissan Motors Co) и получившая название Nissan Cube Rider.

В 2003 году начался выпуск удлиненной версии Nissan Cube, получившей собственное название Nissan Cube3 (Cube Cubic). Увеличенная на 17см колесная база позволила конструкторам разместить в салоне третий ряд сидений. При этом технически автомобиль полностью идентичен своему «короткому» брату.

В 2005 году для автомобилей Nissan Cube и Nissan Cube3 начали предлагать новый двигатель HR15DE объемом 1.5 литра и мощностью 109 л.с.